Vidéo question :: Identifier la séquence reconnue par EcoRI Biologie

Transcription de la vidéo

La figure fournie montre le mécanisme de l’enzyme de restriction EcoRI. En lisant dans le sens cinq prime trois prime, quelle est la séquence que cette enzyme de restriction reconnaît et clive ?

Cette question nous interroge sur une enzyme de restriction spécifique, EcoRI. Passons en revue ce que sont les enzymes de restriction et comment elles peuvent être utilisées pour manipuler l’ADN.

Les enzymes de restriction sont des outils utiles en biotechnologie car elles peuvent couper des séquences d’ADN spécifiques, afin de les combiner de manière intéressante. Elles ont initialement été découvertes dans les bactéries comme un moyen pour elles de se défendre contre les virus. En effet, elles sont capables d’exciser l’ADN viral en morceaux, pour l’empêcher de poursuivre son cycle de vie.

Il existe de nombreuses enzymes de restriction différentes, et chacune d’entre elles a sa propre séquence d’ADN cible qu’elle reconnaît et coupe. Il s’agit d’un site de reconnaissance ou de restriction. Ces sites de reconnaissance sont des palindromes, ce qui signifie qu’ils se lisent de la même manière que ce soit dans un sens ou dans l’autre. Le mot kayak en est un exemple, car il s’écrit « kayak » dans les deux sens.

La séquence d’ADN GGATCC est un exemple de palindrome qui correspond au site de reconnaissance de l’enzyme de restriction BamHI. GGATCC est la séquence sur le brin cinq prime à trois prime. Dans ce sens, elle se lit GGATCC. Si nous regardons la séquence sur le brin opposé, elle correspond aussi à GGATCC lorsqu’elle est lue dans le sens cinq prime à trois prime.

Ainsi, lorsque nous parlons de palindromes dans l’ADN, il s’agit d’une séquence du brin cinq prime à trois prime qui est identique à la séquence du brin opposé lue dans le sens cinq prime à trois prime. En ce qui concerne la façon dont cette enzyme clive l’ADN, nous pouvons le voir ici. Chaque enzyme de restriction, en plus d’avoir un site de reconnaissance unique, clive d’une manière spécifique.

Maintenant que nous avons fait le point sur les enzymes de restriction et la façon dont elles clivent l’ADN via des sites de reconnaissance, essayons de répondre à notre question.

Dans cette question, nous avons une séquence d’ADN et le modèle de clivage de l’enzyme de restriction EcoRI. Pour trouver la séquence de reconnaissance, il faut repérer un palindrome. Si nous nous concentrons sur la région qui est clivée sur le brin cinq prime à trois prime, elle correspond à AATT. Nous pouvons voir qu’il s’agit bien d’un palindrome, car sur le brin opposé, c’est aussi AATT dans le sens inverse. Cette séquence pourrait être plus longue, alors continuons.

La base suivante est un G sur le brin cinq prime à trois prime. Et sur le brin trois prime à cinq prime, c’est aussi un G, donc il fait aussi partie du palindrome. Si nous passons à la base suivante, nous avons un C sur le brin cinq prime à trois prime. Mais dans le sens inverse, c’est un T. Ainsi, le palindrome ne s’étend pas aussi loin et cette position ne fait pas partie de la séquence de reconnaissance.

Ainsi, la séquence indiquée doit être le site de reconnaissance. Sur le brin cinq prime à trois prime, il se lit GAATTC. Et sur le brin trois prime à cinq prime, il s’écrit GAATTC lorsqu’il est lu dans le sens cinq prime à trois prime. C’est un palindrome.

Par conséquent, la séquence reconnue par EcoRI dans le sens cinq prime à trois prime est GAATTC.